本局設各科、室，分別掌理下列事項：
  一、第一科：空氣污染防治及噪音、振動管制等事項。
  二、第二科：水污染防治、飲用水、毒性化學物質、環境衛生用藥管理
      及毒性化學物質災害防救等事項。
  三、第三科：垃圾清除、溝渠清疏、街道清掃、水肥清運、公廁管理、
      棄犬畜犬污染環境之處理、環境消毒、病媒防治、垃圾分類與回收
      、廢車拖吊、作業機具與車輛裝備之規劃、購置管理及各區清潔隊
      勤務督導等事項。
  四、第四科：一般廢棄物處理計畫之研擬、處理場（廠）之設置、營運
      與督導、事業廢棄物處理管制及土壤污染防治等事項。
  五、第五科：綜合規劃、資訊管理及環境影響評估等事項。
  六、第六科：環境教育、勞工安全、公害糾紛、管考業務、衛生稽查、
      車輛肇事之處理及違章飼養家禽、家畜之取締等事項。
  七、技術室：環境保護及公害防治之檢驗、監測、調查及研究發展等事
      項。
  八、總務室：文書、打字、檔案管理、印信、採購、出納、財產管理、
      工程發包、公務車輛管理、事務管理及其他不屬於各科室事項。