本署設下列組、室：
  一、庫務管理組，分四科辦事。
  二、支付管理組，分四科辦事。
  三、債務管理組，分三科辦事。
  四、財務規劃組，分三科辦事。
  五、公股管理組，分四科辦事。
  六、菸酒管理組，分四科辦事。
  七、秘書室，分三科辦事。
  八、人事室。
  九、政風室。
  十、主計室。
  十一、資訊室，分二科辦事。