署長綜理署務，其權責如左：
  一、國稅稽徵業務之指揮、監督、考核及省（市）縣（市）稅稽徵業務
      之督導、考核。
  二、工作計畫與工作報告編擬之指示及決定。
  三、概算編製、預算分配及經費動支之決定。
  四、業務之分配、調整及改進。
  五、重要公文、文稿之批閱及核判。
  六、重要案件變更處理方式之決定。
  七、重要會議之主持與參加。
  八、所屬人員派免、考核、獎懲之核定、核轉。
  九、其他重要公務之處理。