花蓮分局掌理轄區進出口貨物之通關、查緝等事宜。分設三課、巡緝艇
  ，各課及巡緝艇之職掌如左：
  一、總務課：
    （一）退押案件之處理。
    （二）進出口貨棧、報關行、運輸業之設立登記及管理。
    （三）一般行政管理事項。
  二、業務課：
    （一）進出口通關業務。
    （二）進出口報單及檔案之管理。
  三、稽查課：
    （一）進出口船舶通關之管理。
    （二）轄區巡緝業務之執行。
    （三）進出口貨棧之監管。
    （四）進出口貨物之查驗。
    （五）出、入境旅客及船員行李之檢查。
    （六）巡緝艇及關艇之指揮管理。
  四、巡緝艇：
    （一）勤務規劃。
    （二）船體艙面設備及航海儀器之保養與維護。
    （三）通商口岸（包括港區、錨地及其臨近水域）巡緝及港區工作船
          臨檢等事項。
    （四）輪機設備之保養與維護。