資訊室掌理資料處理事項。分設三股，各股之職掌如左：
  一、第一股：
    （一）進口通關作業系統之作業輔導與執行。
    （二）進口貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
    （三）人事薪資、保證金處理、法務、保稅稽銷、徵課會計、查緝走
          私情報等系統之研究發展與作業執行。
    （四）旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
    （五）資訊作業使用者識別碼及程式安全控管。
    （六）其他有關通關作業交辦事項。
  二、第二股：
    （一）電腦週邊設備及通訊網路之管理及維護。
    （二）旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
    （三）本局主機系統檔案之備援與使用管制。
    （四）電腦機房環境與機器設備之管理維護。
    （五）電腦及其相關設備耗材之控管事項。
    （六）端末機及端末印表機之調配管制。
    （七）電腦相關設備租購事宜。
    （八）其他有關硬體設備交辦事項。
  三、第三股：
    （一）出口通關作業系統之作業輔導與執行。
    （二）出口貨物通關自動化相關作業事項之推動與執行。
    （三）公文管理、樣品管理、出口商標、緝案等系統之研究發展與作
          業執行。
    （四）旅客通關各項系統之研究發展與作業執行。
    （五）報關磁卡製作及控管。
    （六）年度關務資訊計畫需求審議。
    （七）資訊作業有關年度概算之編製。
    （八）資訊稽核及災變計畫之配合執行。
    （九）一般行政管理及其他交辦事項。