機動巡查隊掌理抽（複）查及巡邏事項。分設四分隊，各分隊之職掌如
  左：
  一、抽（複）驗進（出）口及轉運（口）貨物（櫃）。
  二、複驗入（出）境旅客、船機人員行李。
  三、抽（複）驗進（出）口郵包。
  四、抽（複）查進（出）口船舶、航空器。
  五、抽查私貨倉庫、逾期貨倉庫貨物。
  六、抽查免稅商店及保稅倉庫貨物。
  七、抽查海關管理保稅工廠保稅原料、半成品、在製品及成品。
  八、處理密報案件。
  九、日、夜間機動巡邏轄區水域、碼頭、倉庫及貨櫃集散站。
  十、其他交辦、協辦事項。