高雄機場分局掌理入出境旅客及進出口貨物通關事宜。分設四課、十五
  股，各課、股之職掌如左：
  一、業務課掌理空運進出口貨物通關事項。分設五股辦事：
    （一）業務一股：
          1.C1報單之審核、C2、C3及未連線進口報單之收單、建檔、分
            類估價（稅則第一章至第八十三章）、查核簽審規定、銷證
            、放行、代徵貨物稅、營業稅及推廣貿易服務費。
          2.國貨復運進口案件之處理。
    （二）業務二股：
          1.C1報單之審核、C2、C3及未連線進口報單之收單、建檔、分
            類估價（稅則第八十四章至第九十七章）、查核簽審規定、
            銷證、放行、代徵貨物稅、營業稅及推廣貿易服務費。
          2.國貨復運進口案件之處理。
          3.貨樣管理。
    （三）業務三股：
          1.機放報單之處理。
          2.空運進口貨物之登稅處理。
          3.押金收退處理。
          4.先放後稅案件處理。
          5.各種稅收、保管款日、月報表之製作。
          6.貨物稅證照之核發及月報表之製作。
          7.逾期不報關、不繳稅及放棄貨物之處理。
    （四）業務四股：
          1.連線及未連線出口報單之收單、建檔、分類估價、銷證、放
            行及銷艙。
          2.出口貨物註銷、退關、錯單之處理。
          3.推廣貿易服務費繳納證之補發，具結收單、退費。
          4.出口報單之審核、編號、裝袋。
          5.空運復出口商港建設費之徵收。
          6.出口貨物違章及行政救濟案件之處理。
          7.仿冒商標及偽標產地案件之處理。
          8.國貨復運進口案件有關原出口報單之核銷。
    （五）業務五股：
          1.進口報單之審核。
          2.進出口報單副本及證明書之核發。
          3.進出口報單理單及調單作業。
          4.退押金案件處理。
          5.國庫支票、退還押金憑證及國庫對帳案卷之管理。
          6.一般行政管理事項。
  二、驗貨課掌理空運進出口貨物查驗事項。分設二股，各股之職掌如左
      ：
    （一）空運進出口貨物之查驗。
    （二）空運進口逾期貨物及退關、註銷報關貨物之查驗。
    （三）轉運出口貨物之查驗。
    （四）報備案件之受理。
  三、檢查課掌理入出境旅客行李檢查事項。分設五股辦事：
    （一）檢查一至四股：
          1.入出境及過境旅客行李檢查。
          2.緝私案件之處理及其他交辦事項。
    （二）檢查五股：
          旅客托運行李  （包括入境及過境）  之Ｘ光檢查。
  四、稽查課掌理旅客應稅或留辦物品之處理、理機、押運、文書總務及
      連鎖貨棧管理等事項。
  五、分設三股辦事：
    （一）稽查一股：
          1.應稅或留辦物品之處理。
          2.過境行李倉庫（關棧）之監管。
          3.緝私案件之分估及旅客申報單之保管。
          4.旅客統計報表之編製。
    （二）稽查二股：
          1.理機。
          2.報單派押。
          3.空櫃進出管制區之檢查。
          4.進口貨物艙單之處理。
          5.轉運申請書之處理及轉運准單之核發。
          6.一般行政管理及總務事項。
    （三）稽查三股：
          1.聯鎖倉庫之管理。
          2.保稅貨物倉庫之管理。
          3.免稅商店之管理。