本局設左列各組、室、隊、分局、支局：
  一、進口組。
  二、出口組。
  三、稽查組。
  四、倉棧組。
  五、緝案處理組。
  六、保稅組。
  七、總務室。
  八、法務室。
  九、資訊室。
  十、人事室。
  十一、會計室。
  十二、政風室。
  十三、機動巡查隊。
  十四、前鎮分局。
  十五、中興分局。
  十六、加工出口區分局。
  十七、高雄機場分局。
  十八、中島支局。
  前項各組、分局之下得設課，各室、支局及課得設股，隊得設分隊辦事
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