本院設下列中心及室：
一、教育制度及政策研究中心。
二、課程及教學研究中心。
三、測驗及評量研究中心。
四、語文教育及編譯研究中心。
五、教科書研究中心。
六、教育資源及出版中心。
七、綜合規劃室。
八、秘書室。
九、人事室。
十、主計室。
十一、教育人力發展中心。
十二、原住民族教育研究中心。

依行政院及所屬各機關組織調整作業原則貳、行政院及所屬機關規劃原則
第八點第一款第三目前段規定：「各機關內部單位應依基準法第二十二條
至第二十七條規定設置及調整，另考量服務地區需要，得以派出單位或改
採任務編組方式組成之。」；並為回應總統原住民族政策「應成立國家級
原住民族教育專責機構」，並落實教育部與原住民族委員會會銜頒布之「
發展原住民族教育五年中程計畫（一百零五年至一百零九年）」，亦根據
「國家教育研究院籌設計畫書」，本院在籌備初期即有規劃「原住民族教
育研究所」之設計，爰增列本條第十二款原住民族教育研究中心。