企劃處分設三科，各科掌理事項如下：
  一、綜合規劃及民族自治科：
    （一）原住民族政策、制度與法規之綜合擬訂及研議事項。
    （二）本會施政方針、施政計畫及業務（工作）報告之彙整編擬事項
          。
    （三）本會委員會議之召開事項。
    （四）原住民族事務之綜合規劃及協調事項。
    （五）原住民身分與原住民族之認定及族群關係處理事項。
    （六）傳統部落組織之輔導事項。
    （七）原住民族自治之規劃及推動事項。
    （八）原住民族自治行政之輔導、協調及監督事項。
    （九）原住民族自治人員之訓練、考核及獎懲事項。
    （十）其他有關原住民族事務之研究及企劃事項。
  二、管制考核及資訊管理科：
    （一）原住民相關資料之調查、蒐集及年鑑出版事項。
    （二）本會委託研究、出國報告之管制及出版品管理事項。
    （三）重要施政計畫、長官交辦案件之追蹤、管制及考核事項。
    （四）本會全面提昇服務品質方案之彙辦、管制與公文之列管、稽催
          及績效檢討統計、分析事項。
    （五）特種考試原住民行政及技術人員考試之研議事項。
    （六）立法委員質詢及監察委員巡迴監察等相關問題之彙復及模擬問
          答資料之彙整事項。
    （七）本會資訊系統與電腦化業務之規劃、協調、推動、管理、維設
          及員工教育訓練事項。
    （八）原住民行政資訊系統之規劃、協調、推動及配合國家基礎建設
          網路事項。
    （九）原住民族地區災害防救之協調、管制及考核事項。
    （十）不屬本處其他科及統籌性質之綜合事項。
  三、國際事務科：
    （一）原住民族國際交流及合作之規劃及推動事項。
    （二）原住民族國際事務人才培育之規劃及推動事項。
    （三）各國原住民族政策、制度及法規資料之蒐集、分析、研究及編
          譯事項。
    （四）本會來訪外賓之接待、傳譯及資料建檔事項。
    （五）本會外文文件及出版品之翻譯及編印事項。
    （六）其他有關原住民族國際事務之規劃及推動事項。