人口與健康調查研究中心分設二科，各科掌理事項如下：
  一、第一科（調查及研究業務科）：
    （一）本局自辦或國內外合作辦理調查研究主題、內容與執行方式之
          規劃與籌備事項。
    （二）調查研究人員招訓、分工、實地執行之督導與管控事項。
    （三）調查研究資料核閱、建檔、品質管控等有關事項。
    （四）調查研究資料分析與報告編印事項。
    （五）本局研究調查成果對內、外發布及出版之有關事項。
    （六）規劃及推動電話及社區面訪等調查業務（含執行督導及管考）
          事項。
    （七）本局既往調查研究原始資料之外釋使用申請有關事項。
    （八）本局駐外人員之行政管理有關事項。
    （九）其他與研究調查有關事項。
  二、第二科（科技發展與科技管理科）：
    （一）本局科技計畫規劃、委外作業、成果管考等相關事項。
    （二）國民健康指標基本資料之收集與彙整。
    （三）網路出生通報行政管理有關事項。
    （四）關於研究計畫補助申請與國科會獎助申請事項。
    （五）關於與國內外機關（構）合作研究有關事項。
    （六）其他與科技發展有關事項。