秘書室分設三科，各科掌理下列事項：
一、事務科：
    （一）本局營繕工程、財物、勞務之採購及管理。
    （二）辦公廳舍及財產之管理。
    （三）車輛、油脂之管理調配及電話、水電之保養維護。
    （四）辦公廳舍安全與保全系統之監督及管理。
    （五）技工、駕駛及工友之管理。
    （六）款項、票據與有價證券之收支、登記、保管及移轉。
    （七）收支款項報告之編製。
    （八）薪津發放及規費收繳。
    （九）各類所得資料彙整、申報稅款繳交及扣繳憑單填發事項。
    （十）公款結匯及代扣款事項彙辦。
    （十一）立法院與監察院等機關之聯絡及協調。
    （十二）其他不屬於各組、室主管事項。
二、文書科：
    （一）文書收發分配、繕校及檔案管理。
    （二）印信典守事項。
    （三）圖書雜誌與出版品之典藏及管理事項。
    （四）公文電子傳送及交換事項。
    （五）文書處理系統軟硬體設備維護事項。
    （六）公文稽催及管制。
三、法制科：
    （一）對於本局業務及管理事項法律意見之提供。
    （二）對於其他機關洽會涉及法規案件意見之提供。
    （三）法規資料之蒐集、分析及研議事項。
    （四）本局動植物防疫檢疫與畜禽屠宰管理法規之釋疑、整理及編印
          。
    （五）本局訴訟案件之協辦。
    （六）有關動植物防疫檢疫及畜禽屠宰管理訴願案件答辯之協辦事項
          。
    （七）其他有關法制事項。