會計室分設三科，各科掌理下列事項：
一、帳務科：
    （一）本會公務預算收支與分錄轉帳傳票及付款憑單編製。
    （二）本會月報表之編製。
    （三）本會單位決算之編製。
    （四）本會歲出應付款保留之審核、申請及分配預算之編製。
    （五）行政院電子中心會計資訊系統之維護及溝通聯繫。
    （六）中美基金預決算之籌編及各項會計業務之處理。
    （七）農業特別收入基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。
    （八）農業作業基金預決算之審核彙編及各項會計業務之處理。
    （九）農業特別收入基金及農業作業基金審計部抽查報告之彙復。
    （十）其他臨時交辦事項。
二、歲計科：
    （一）本會單位與主管概、預算之編製及所屬單位概、預算之審核。
    （二）本會與所屬單位分配預算之編製及審核。
    （三）所屬單位月報之審核及彙編。
    （四）所屬單位決算報告之審核及主管決算之彙編。
    （五）立法院審查預決算模擬資料之提供及溝通聯繫。
    （六）所屬單位預（決）算執行問題之會核。
    （七）公文之收發及檔案管理。
    （八）綜合性其他臨時交辦事項。
三、稽核科：
    （一）本會各項補助、委辦計畫經費之審核、撥款與保留及執行情形
          查核。
    （二）本會主管計畫經費處理相關作業規定之擬訂及解釋。
    （三）本會各項補助、委辦計畫執行機關帳務之查核及輔導。
    （四）本會單位預算各項業務經費之審核與預算控制及本會各項採購
          作業之監辦。
    （五）農產品受進口損害救助基金預（決）算之籌編及各項會計業務
          之處理。
    （六）審計部抽查各項計畫抽查報告之處理。
    （七）本會主管農業財團法人與各農田水利會預決算之審核及監督。
    （八）本會歷年由農建計畫經費設立之週轉金業務之管理。
    （九）本會及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲等案件之擬
          辦。
    （十）其他有關會計業務之處理。