遠洋漁業開發中心分設二科，各科掌理下列事項：
一、漁業訓練科：
    （一）漁船船員教育、年度訓練工作計畫之擬訂及執行。
    （二）委辦訓練業務規劃、管理及督導。
    （三）委辦機構種子師資培訓。
    （四）訓練教材編審、講師審核及課程規劃。
    （五）教學實習與電化教育資料之蒐集、設計及製作。
    （六）中長期加強推動職業訓練工作之擬訂及委辦事項。
    （七）訓練業務之研究及改進。
    （八）督導委辦機構學員招訓、生活及就業輔導。
    （九）其他有關訓練推廣事項。
二、船務科：
    （一）漁船船員訓練教學區房舍管理及修繕。
    （二）公務船舶船員管理規定之訂定及修正。
    （三）公務船舶汰舊換新建造之規劃、設計及籌建等事項。
    （四）公務船舶保養、歲修、海損與航修之規劃及招標。
    （五）漁業巡護船航程之規劃、協調及執行督導。
    （六）公務船舶船員人事管理及督導。
    （七）海訓任務之規劃、協調及執行督導。
    （八）公務船舶整補之規劃及招標。
    （九）其他有關公務船舶船務管理事項。