秘書室掌理事項如下：
一、關於施政計畫之彙編及建議事項。
二、關於年度、中長程個案計畫之訂定及管制考核事項。
三、關於海洋事務工作之協調、處理事項。
四、關於研究發展事項。
五、關於為民服務工作之推動、督考及評獎事項。
六、關於組織結構及功能之研析事項。
七、關於辦事細則，各單位研訂掌理事項之彙整、修正及陳審事項。
八、關於本局機關簡介編制事項。
九、關於訴願之受理、答辯處理及國家賠償事件之審議、處理事項。
十、關於企劃及法制業務、法規管理事項。
十一、關於本局印信蓋用及典守事項。
十二、關於本局公文處理之規劃、督檢及收發、分辦事項。
十三、關於本局會議（報）之規劃、記錄整理及分行事項。
十四、關於本局各項會議（報）、活動行程管制事項。
十五、關於本局檔案之點收、分類、編目、典藏、保管、檢調、應用、清
      查、銷毀、目錄彙送、電子儲存、機密檔案管理、資料登錄及統計
      事項。
十六、關於本局檔案管理之規劃、檔案資訊之建置、協調推動及督導事項
      。
十七、關於本局對總局副總局長（含）以上長官「簡報」資料之蒐整及制
      作事項。
十八、關於本局不屬其他各科、室、中心公文之分發及簽陳裁處事項。
十九、關於本局史政資料彙編之事項。
二十、其他有關本局文書管理之事項。
二十一、關於本局現金、票據及有價證券之收入、支付及保管等事項。
二十二、關於本局員工薪餉造冊發放與所得稅、保險費及歲入款等事項。
二十三、關於本局辦公場所與宿舍之環境清潔維護、分配管理及管制等事
        項。
二十四、關於本局各科室事務用品（消耗性物品與非消耗性物品）統購分
        配管理與清點事項。
二十五、關於局本部水電管理及辦公廳捨零星修繕等事項。
二十六、關於局本部門禁管制、停車證、各式來賓證之申領及營區整體安
        全防護等事項。
二十七、關於局本部不動產、辦公暨生活設備、分配、管理及督導事項。
二十八、其他有關總務等事項。
二十九、關於立法院、監察院各種會議或巡察建議案、決議案、質詢案之
        分辦、彙整、協調、聯繫與回覆事項。
三十、關於國會、新聞及公共關係業務作業規範之執行、相關文書擬辦、
      輿論資料蒐集因應及新聞發佈、聯繫等事項。
三十一、關於國內各界人士參觀訪問拜會之接待事項。
三十二、關於民意機關洽詢案件之協調、處理、回覆事項。
三十三、關於媒體記者聯繫活動策劃及新聞媒體採訪本局或所屬單位案件
        之策辦等相關事項。
三十四、關於本局所屬單位公共關係與新聞聯繫工作之督導、考核事項。
三十五、關於本局對外公共關係經營及其他有關公共關係事項。