會計室掌理歲計、會計及統計等事宜。分設四股，各股之職掌如下：
  一、第一股：
    （一）歲出單位概算、預算與分預算之編製。
    （二）歲出分配預算之編製、修正。
    （三）歲出追加、追減預算及動支預備金之申辦。
    （四）總局歲出預算（人事費）控管及憑證審核。
    （五）會計人員及統計人員任免、遷調、考核、獎懲案件之擬辦。
    （六）採購案件之監辦。
    （七）其他交辦事項。
  二、第二股：
    （一）總局歲出預算（不含人事費、旅運費）控管及憑證審核。
    （二）付款憑單及各項經費類記帳憑證之編製。
    （三）經費類會計帳務之處理。
    （四）經費類會計憑證、簿籍及報表之整理、送審及保管。
    （五）經費類會計報告及決算之編製及彙編。
    （六）各種代收款項收付之審核。
    （七）經費流用及保留之辦理。
    （八）採購案件之監辦。
    （九）分局歲出預算執行之督導。
    （十）其他交辦事項。
  三、第三股：
    （一）稽徵所歲出預算與零用金之控管及憑證審核。
    （二）總局歲出預算（旅運費）與各單位教育訓練費之控管及憑證審
          核。
    （三）採購案件之監辦。
    （四）總局及所屬零用金、出納事務等內部控制項目之查核。
    （五）分局會計業務考核。
    （六）其他交辦事項。
  四、第四股：
    （一）歲入單位概算、預算、分預算及分配預算之編製。
    （二）徵課會計報告及各項報表彙編。
    （三）歲入類會計帳務處理。
    （四）歲入類會計報告、決算之編製及彙編。
    （五）分局徵課會計業務之督導。
    （六）各項違章案件財務罰鍰獎金提成及分配之審核。
    （七）國稅統計各項報表及年報之統計、分析及編製。
    （八）公務統計報表之編製。
    （九）採購案件之監辦。
    （十）其他交辦事項。