本處設左列各組，分別掌理有關事項：
  一、研究典藏組：史前文化相關之展品蒐集、管理、維護、保存及研究
      等事項。
  二、展示教育組：營運管理計畫之擬訂，展示主題與內容之規劃、設計
      與製作；推廣教育計畫之擬訂、推展等事項。
  三、工務組：環境與建築之規劃、設計、施工及設備之購置、安裝等事
      項。
  四、園區管理組：遺址公園之管理、維護事項。
  五、行政組：機要、庶務、文書、研考、出納、財物保管及不屬於其他
      各組事項。