本自治條例之主管機關如下：
一、臺北市政府衛生局（以下簡稱衛生局）：關於原住民健康管理及醫療
    保健服務有關事項。
二、臺北市政府原住民族事務委員會（以下簡稱原民會）：關於原住民居
    住事實認定、全民健康保險自付保險費（以下簡稱保險費）補助及醫
    療費補助事項。