第一課課長，承分局長之命綜理課務，其職掌如左：
一、農畜水產品及動植物之檢驗檢疫事項。
二、農畜水產品冷藏冷凍食品檢驗檢疫事項。
三、農畜水產品委託試驗事項。
四、農畜水產品之包裝檢查取樣標識及不合格品之改裝處理事項。
五、農畜水產品檢驗（疫）及委託試驗等有關紀錄之填報與評定事項。
六、農畜水產品檢驗（疫）資料之蒐集整理及建議事項。
七、農畜水產品檢驗（疫）標準及方法之研究建議事項。
八、港口之驗對執行事項。
九、農畜水產品檢驗技術人員之督導及考核事項。
十、集貨場及技術員登記審查管理事項以及畜水產品申請品管分等資料之
    審核與品管調查，執行追查及產品抽驗事項。
十一、畜水產品品管分等工廠之品管作業之轉導事項。
十二、辦事處有關業務之督導考核事項。
十三、檢驗（疫）及試驗研究等儀器藥品用具之籌劃添置領用與維護管理
      事項。
十四、動物傳染病以及植物檢疫試驗研究及其結果之報告事項。
十五、本課主管之工作計畫報告公文撰擬收發登記及臨時交辦事項。