本局設下列組、室、中心：
一、綜合企劃組，分三科辦事。
二、空運管理組，分四科辦事。
三、飛航標準組，分六科辦事。
四、飛航管制組，分四科辦事。
五、航站管理組，分四科辦事。
六、場站工程組，分五科辦事。
七、民航資訊組，分二科辦事。
八、秘書室，分三科辦事。
九、人事室，分二科辦事。
十、政風室。
十一、主計室，分四科辦事。
十二、機場工程中心，分四科辦事。

本局各內部單位（含派出單位）名稱及分科辦事。