本局置總工程司一人，其掌管事項如下：
  一、統籌督導水資源企劃及研發業務。
  二、統籌督導水資源開發及保育業務。
  三、統籌督導河川及水權相關業務。
  四、統籌督導水利重大建設工程之協調及業務執行。
  五、統籌督導水文及水資源資訊業務。
  六、關於本局各單位右列業務呈判（核）文稿及施政計畫、工作計畫、
      工作報告之審核事項。
  七、其他技術督導及臨時交辦事項。