第二課課長承分局長之命綜理課務，並督率所屬辦理左列事項：
  一、關於動物及其產品（含動物飼料）檢疫之執行與處理事項。
  二、關於畜、水產品檢驗之執行與處理事項。
  三、關於上述業務委託試驗之執行事項。
  四、關於畜、水產品分等工廠品質管制作業之執行與技術輔導事項。
  五、關於分等工廠報驗紀錄表之審核事項。
  六、關於前述產品包裝檢查、取樣、標識及不合格品之處理事項。
  七、關於前述各類檢驗（疫）資料之蒐集、整理及建議事項。
  八、關於前述各類檢驗（疫）法規、程序、標準及方法之研究改進與建
      議事項。
  九、關於動物檢疫證明書之副署。
  十、關於港口驗對之執行事項。
  十一、關於儀器、藥品、用具之籌劃、添置、維護、保管事項。
  十二、關於本課主管之工作計畫、報告及表報、文稿之撰擬收發、登記
        暨分局長臨時交辦事項。