第二課課長承分局長之命綜理課務，其職掌如左：
一、畜水農產加工品之檢驗及委託試驗事項。
二、畜水農產加工品包裝取樣標識及派員臨場檢驗事項。
三、冷凍果蔬之檢驗事項。
四、畜水農產加工品及委託試驗等有關紀錄之填報與評定事項。
五、畜水農產加工品檢驗（試驗）標準及方法之研究事項。
六、畜水農產加工品品管等工廠之品質管制作業乃輔導事項。
七、畜水農產加工品檢驗（試驗）資料之蒐集整理及建議事項。
八、港口驗對之執行事項。
九、罐頭標紙審核登記事項。
十、辦事處有關業務之督導考核事項。
十一、檢驗（試驗）儀器藥品之籌劃添置領用與維護管理事項。
十二、本課主管之工作計畫報告公文撰擬收發登記及臨時交辦事項。