業務課掌理下列事項：
  一、商港設施經營管理事項。
  二、船舶貨物裝卸承攬業、拖駁船業經營許可事項。
  三、港埠業務費計收事項。
  四、商港服務費收取事項。
  五、有關商港營運發展企劃事項。
  六、棧埠設施維護管理事項。
  七、旅客服務事項。
  八、棧埠業務調派申請事項。
  九、客戶服務事項。
  十、資訊設備管理維護事項。
  十一、法制業務事項。
  十二、其他交辦事項。