保育研究課之職掌如左：
  一、關於本區域內自然資源之保育、研究、監督事項。
  二、關於本區域內人文史蹟資料之蒐集、研究與管理事項。
  三、關於本區域內各種標本之採集製作、標示研究與保管事項。
  四、關於本區域內瀕臨滅絕及稀有之野生動物、植物復育計畫執行事項
      。
  五、關於本區域內生態保護區之經營、管理事項及其保育計畫之研擬與
      實施事項。
  六、關於本區域內違法盜採、盜獵、盜伐等危害毀損自然資源及人文資
      源行為之處理復舊與監督事項。
  七、關於保育研究案實施計畫之研擬及執行與推廣事項。
  八、其他有關保育研究事項。