本部及所屬單位內部審核權責如左：
  一、國防部：
  （一）本部內部審核法令之研（修）訂，制定之規劃與研究設計。
  （二）對本部、本部直屬單位、各總部、軍管區司令部、憲兵司令部及
        其所屬單位實施審核（抽查）與管制。
  （三）對各總部、軍管區司令部及憲兵司令部內部審核案件之處理與管
        制。
  （四）對各總部、軍管區司令部、憲兵司令部、本部直屬單位主計業務
        之定期督考，及主官移交案件（主計部分）之審核處理。
  （五）對本部、本部直屬單位、各總部、軍管區司令部及憲兵司令部接
        受審計機關審計事項之處理、管制與督考。
  二、各總部、軍管區司令部、憲兵司令部：
  （一）本部內部審核政策之建議，及法令之轉頒實施與研究設計。
  （二）對所屬單位內部審核案件之處理及管制。
  （三）對本單位業務及所屬單位實施審核（抽查），連同上級審核所提
        改進事項，督導有關單位執行，並追查成效。
  （四）對所屬單位主計業務之定期督考。
  （五）各總部、軍管區司令部、憲兵司令部及其所屬單位接受審計機關
        審計事項之處理、管制與督考。
  三、各級指揮單位：
  （一）對本單位及所屬單位實施內部審核。
  （二）對內部審核所提出改進事項，應由主計部門管制，業務主管部門
        督導所屬受審核單位採取適當措施，並切實辦理有效改進，遵限
        將改進情形具報。
  （三）對審計事項之處理情形應即時呈報各總部、軍管區司令部、憲兵
        司令部審查及列管。
  四、受審核單位：
  （一）各單位應行之內部審核，應適時由主計部門（或主辦主計軍官）
        實施審核。
  （二）對內部審核人員供給工作處所、及交通支援，指派連絡人員予以
        充分協助，便利執行審核。
  （三）凡屬審核範圍之案卷、簿籍、憑證、記錄、現金及財物等，不得
        隱匿或拒絕，遇有疑問，並應為詳實之答復。
  （四）凡屬機密性業務，其案卷、簿籍、憑證、紀錄及財物等，不便交
        由內部審核人員審核者，應先報經審核單位主官核准。
        前款所稱機密性業務應依據「軍機保密實施規定」第一章第四節
        機密等級之分類標準辦理。
  （五）各有關業務主管或承辦人，對內部審核人員所提審核事項，應及
        時交換意見，完成初步協調。
  （六）奉頒內部審核所提應行改進事項時，應儘速採取適當措施，切實
        辦理改進，並於六十日內將辦理情形具報（含申復至國防部全程
        時間，以雙方發文日期計算，如因故展期者以乙次且不超過三十
        天為限），但奉令限期改進之案件，應照命令規定辦理。凡未能
        於限期內改進者，應於申復時述明改進措施，及預定改進時間，
        並於每年度終了後一個月內將列管案件執行情形報部。
  （七）前目改進事項，應由主計部門（或主辦主計軍官）實施管制，業
        務主管部門負責辦理，並副知政戰部門。
  （八）對審計事項之處理情形應即時呈報督導單位審查及列管。
  五、聯勤財勤單位：
  （一）收支費款除按有關規定辦理外，其中重大案件，應儘速將有關資
        料呈報聯勤總部財務署，轉報國防部（主計局）處理。
  （二）依法對退審、核退案件之協調與處理。
  六、帳務中心：
  （一）對財勤單位所結報之憑證，應加強複審，如發現內容不符，除按
        規定予以核退外，其中重大案件，並應專案簽請核辦。
  （二）對前目核退案件，認為有實地調查之必要時得移由本部主計局、
        各總部、軍管區司令部、憲兵司令部內部審核單位查核或派員會
        同查核，並視情節會同政戰部門辦理之。
  （三）對審計事項之協調與處理及管制。