內部審核人員之權責如左：
  一、內部審核人員執行內部審核任務前應詳細研閱本辦法與有關法規、
      資料，並予靈活運用。
  二、主辦主計軍官對不合法之會計程序或文書，應依會計法第九十九條
      規定辦理。
  三、各單位主計人員對不合法之會計憑證，應依會計法第一零二條規定
      辦理。
  四、對受審核單位有關之業務案卷、簿籍、憑證、金錢財物、內部管理
      、及其工作場所，均有審核之權。
  五、必要時，對有關資料憑證、財物、金櫃等，可臨時予以封存。
  六、得向受審核單位及有關人員提出詢問，或索取相關審核事項之文件
      與證明。
  七、得因事實需要，抽查本次審核有關資料。
  八、得檢討受審核單位之工作績效。
  九、對於已失效或不合實際需要之法令，得研究建議主管單位修正或廢
      止。
  十、發現受審核單位，對支用經費，有超越權責，不當不實，違反節約
      規定，或強行消化預算之情形者，得列舉事實，建議權責單位核減
      其相關預算並查處有關失職人員。
  十一、對蒐集與瞭解受審核單位之案件內容，文件資料等，負有保密（
        管）之責。
  十二、屬於機密性業務，其案卷、簿籍、憑證、財物等，由受審核單位
        事先呈報審核單位主官同意，另行指派人員，或授權該單位主官
        派員查核者，應免予查核。
        前款所稱機密性業務應依據「軍機保密實施規定」第一章第四節
        機密等級之分類標準辦理。
  十三、對發現受審核單位重大業務缺失事項，不負直接糾正責任。
  十四、不得代表審核單位，向受審核單位為任何之承諾，且無解除該單
        位各級人員會計與行政責任之權。
  十五、在提呈審核報告前，應將所審事項，先與受審核單位業務主管人
        員，完成初步協調。
  十六、執行審核，除有特殊情形，應在計畫核定時程內及受審核單位作
        息時間內行之。
  十七、內部審核人員執行內部審核事項應依照有關法令辦理，非因違法
        失職或重大過失，不負損害賠償責任。
  十八、對查證屬實之不當、不實案件，應要求各受審核單位之相關人員
        於原案或查證記錄上簽章證明，受審核單位不得拒簽。