秘書室分設四科，各科掌理事項如下：
一、第一科：
  （一）年度施政計畫、列管計畫、年終業務檢討等業務之彙辦事項。
  （二）分層負責及權責劃分事項。
  （三）公文稽催、研究發展及工程進度等管制考核事項。
  （四）公共關係業務及來賓參觀、接待事項。
  （五）圖書資料及新聞資料之整理與保管事項。
  （六）新聞發布、協調及聯繫事項。
  （七）年報、局務簡報之製作及圖片資料之協調提供事項。
  （八）其他交辦事項。
二、第二科：
  （一）印信典守事項。
  （二）公文總收發事項。
  （三）公文之繕印及校對事項。
  （四）檔案管理事項。
  （五）會報紀錄事項。
  （六）其他交辦事項。
三、第三科；
  （一）公務用動產之機械及設備、交通及運輸設備、什項設備與各項事
        務性物品之購置與管理事項。
  （二）辦公廳舍、公務宿舍及其附屬設施之修繕、維護與管理事項。
  （三）司機、技工、工友及駐衛警之管理事項。
  （四）公務車輛之管理、租賃、維修及油料管理事項。
  （五）民防及福利業務之協辦事項。
  （六）環境衛生之維護事項。
  （七）各種集會場所之佈置、攝影及管理事項。
  （八）中央公教住宅配售、貸款之辦理事項。
  （九）勞保業務之辦理事項。
  （十）其他交辦事項。
四、第四科：
  （一）現金及銀行存款之收支、帳務登記、銀行往來帳之核對與報表之
        填報事項。
  （二）有價證券、押標金、保證金之收付及庫存之保管事項。
  （三）銀行結匯、匯出匯款、公勞健保費、約聘人員離職儲金、房屋貸
        款、退撫基金、公教存款以及急難貸款繳納事項。
  （四）員工薪餉、年終獎金、考績獎金之單冊編造及發放事項。
  （五）薪資及各類所得稅扣繳憑單之填發事項。
  （六）其他交辦事項。