港務組掌理事項如下：
一、商港港埠業監理業務之督導。
二、國內商港（不包括金門縣及連江縣國內商港）之經營及管理。
三、商港服務費之收取。
四、商港自由貿易港區管理機關應辦理事項之執行及督導。
五、港口設施保全之督導。
六、港區污染防治之督導。
七、商港公有公共基礎設施之建設管理。
八、港務管理相關法規制（訂）定、修正或廢止之研議及擬訂。
九、各港災害防救業務之督導。
十、其他有關港務事務之處理。