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61.
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(訂定)
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違反環境影響評估法按日連續處罰執行準則 (093.11.03)
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62.
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(修正)
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環境保護財團法人會計處理及財務報告編製準則 (113.01.12)
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63.
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(修正)
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環境部環境影響評估作業輔導要點 (112.10.17)
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64.
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(修正)
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綠色消費暨環境保護產品推動使用作業要點 (112.11.27)
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65.
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(停止適用)
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公害陳情案件追蹤清查及管制複查作業要點 (108.08.29)
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66.
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(停止適用)
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行政院環境保護署環境影響評估書件定稿或補正事項確認作業要點 (105.10.28)
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67.
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(修正)
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環境部大陸事務小組設置要點 (112.11.27)
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68.
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(修正)
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行政院環境保護署公共建設推動環保專案小組設置要點 (102.09.03)
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69.
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(停止適用)
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重大公害事件環境保護機關緊急處理作業要點 (096.01.12)
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70.
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(修正)
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環境部補（捐）助民間團體、傳播媒體及學校辦理環境保護相關活動或計畫實施要點 (112.12.22)
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71.
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(修正)
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環境保護事業機構經營環境檢驗測定業務申請許可案審核作業要點 (085.12.26)
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72.
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(訂定)
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行政院環境保護署營繕工程及購置定製財物與委託股務作業要點 (00.01.01)
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73.
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(訂定)
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海岸開發環境影響評估審查作業要點 (083.03.08)
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74.
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(停止適用)
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行政院環境保護署辦理文宣活動作業要點 (108.11.22)
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75.
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(修正)
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推動環境保護有功學校、教師、義工、地方環保人員遴選表揚要點 (089.10.02)
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76.
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(修正)
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處理違反環境保護法律案件人員獎勵金支領要點 (092.10.07)
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77.
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(停止適用)
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行政院環境保護署資通安全處理小組設置要點 (095.08.31)
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78.
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(停止適用)
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九二一震災重建環境影響評估作業要點 (108.11.22)
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79.
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(停止適用)
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行政院環境保護署補助降低車用液化石油氣售價作業要點 (092.01.08)
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80.
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(停止適用)
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行政院環境保護署稽核認證團體監督會受理檢舉案作業要點 (110.05.27)
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81.
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(訂定)
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行政院環保署公共建設推動環保專案小組設置要點 (090.05.15)
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82.
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(修正)
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省（市）及縣（市）環保機關處理民眾陳情案件成效評比要點 (082.09.16)
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83.
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(訂定)
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行政院環境保護署營繕工程及購置定製財物與委託服務作業要點 (084.08.30)
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84.
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(訂定)
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行政院環境保護署選項列管作業要點 (077.03.12)
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85.
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(停止適用)
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行政院環境保護署環境資料庫推動小組設置要點 (095.08.31)
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86.
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(停止適用)
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行政院環境保護署性騷擾防治措施申訴及懲戒處理要點 (104.06.18)
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87.
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(停止適用)
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推動環境保護有功學校、教師及學生遴選表揚要點 (101.02.04)
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88.
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(訂定)
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行政院環境保護署離、外島地區環保替代役役男休假交通費補助作業要點 (092.03.04)
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89.
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(訂定)
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地方環境保護計畫編審作業要點 (092.04.17)
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90.
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(廢止)
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核能四廠環境保護監督委員會設置及作業要點 (110.04.23)
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