秘書室分設三科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：
    （一）關於公文程式作業及機要文件處理事項。
    （二）關於院長、副院長對外函件及辭章之撰擬事項。
    （三）關於電信傳遞及保管事項。
    （四）關於公文代字文編配事項。
    （五）關於公文之收文、分文、發文、登記及繕校事項。
    （六）關於檔案整理及保管事項。
    （七）關於印信典守事項。
    （八）關於年度工作概況彙編事項。
    （九）關於與各單位公文之聯繫及協調事項。
    （十）關於本院法制事項。
    （十一）其他臨時交辦事項。
  二、第二科：
    （一）關於年度施政計畫之彙編事項。
    （二）關於辦理年度施政計畫執行情形之年終考成事項。
    （三）關於辦理由院列管項目與歷年積極辦理工作項目之追蹤及管制
          事項。
    （四）關於年度（專題）研究發展之推動及列管事項。
    （五）關於研究發展（專題）報告之簽報及獎勵事項。
    （六）關於本院施政之民眾滿意度調查事項。
    （七）關於公文品質時效之管制及考核事項。
    （八）關於本院自行列管項目之選項、追蹤、管制及考核事項。
    （九）關於公文稽催及查核事項。
    （十）關於院務會議之準備工作及紀錄整理事項。
    （十一）其他臨時交辦事項。
  三、第三科：
    （一）關於本院新聞發布、國內外新聞傳播機構資料之提供、蒐集、
          處理及採訪報導攝影申請等之安排事項。
    （二）關於本院對外公共事務及資源開發事宜。
    （三）關於國內外重要貴賓、機關、團體之接待及安排事項。
    （四）關於國會及其他民意機構聯繫事項。
    （五）其他臨時交辦事項。