總務室分設三科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：
    （一）關於公文收發及技工、工友差勤登記等電腦作業事項。
    （二）關於院區景觀規劃設計及環境、庭園之清潔與維護等事項。
    （三）關於一般用品之購置、會議處所佈置清潔維護等事項。
    （四）關於本室年度預算及計畫編列、執行控管以及室務、綜合業務
          等事項。
    （五）關於員工薪餉之發放、支付、扣繳等事項。
    （六）關於本院各項出納、外幣匯兌、票據及有價證券之收存保管及
          支付、登記、結算編報等事項。
    （七）關於勞動基準法與技工、工友之僱用、管理、考核、升遷、退
          休及年休統計等事項。
    （八）關於醫務室各項業務。
    （九）其他臨時交辦事項。
  二、第二科：
    （一）關於院區及後側山坡地排水系統規劃、後側山坡穩定性監視及
          分析等事項。
    （二）關於車輛之管理、維護及司機調派、院區交通管理委員會等事
          項。
    （三）關於營繕工程、電氣、空調、供水設備及電話系統之設置管理
          維護事項。
    （四）關於文物參觀券之印製、保管、發售、統計、核報等事項。
    （五）關於本院公有宿舍之分配、維護、管理暨輔助員工購置住宅貸
          款之申辦及代扣、代繳本息等事項。
    （六）關於本院與作業基金國有公用財產之管理、登記、報表編製及
          本院物品之驗收、保管、核發及登記等事項。
    （七）關於本院技工、工友之勞、健保等事項。
    （八）關於本院臨時約聘僱人員與職務代理人員之勞、健保等事項。
    （九）其他臨時交辦事項。
  三、第三科
    （一）關於協助各單位擬訂採購案件之招標文件等事項。
    （二）關於辦理各單位採購案件之招標、開標、決標及契約製訂等事
          項。
    （三）關於協助各單位辦理採購案件之驗收等事項。
    （四）關於辦理工程施工查核等事項。
    （五）關於協助處理各單位採購案件有關政府採購法之疑義等事項。
    （六）其他臨時交辦事項。