扣案毒品銷燬之處理程序如下：
一、扣案毒品於判決確定前，偵查中經移送機關向檢察官聲請或檢察官依
    職權，於徵詢被告意見後，得以處分命令銷燬之。
二、扣案毒品之銷燬事宜，由各地方檢察署或由各地方檢察署委託其他地
    方檢察署、司法警察機關辦理之。
三、贓物庫收受承辦檢察官處分命令，辦理銷燬事宜時，應先查核欲銷燬
    之毒品品項、數量是否相符，且確定在贓物庫、法務部調查局毒品保
    管專庫或在其他代保管處所，再依處分命令造列銷燬清冊，函報臺灣
    高等檢察署（以下簡稱高檢署）或褔建高等檢察署金門檢察分署（以
    下簡稱金門高分檢署）核准。有發現毒品未在贓物庫、法務部調查局
    毒品保管專庫或其他代保管處所情形，應即報請承辦檢察官處理，不
    可預為列冊函報銷燬。
四、扣案毒品銷燬之過程，應由第二款辦理銷燬之機關全程錄音錄影，銷
    燬後應檢具銷燬紀錄、照片及錄影光碟（一式三份），由移送機關、
    檢察官留存及函報高檢署或金門高分檢署備查。

扣案毒品銷燬處理程序之說明如下：
一、扣案毒品為偵辦案件之重要原始證據，於法院判決確定前即進行銷燬
    作業，須避免日後被告於法院審理時，就扣案毒品是否確實為管制之
    毒品有所爭執，宜給予被告表示意見之機會，保障被告之訴訟權利，
    以杜絕爭議，爰訂定第一款。
二、審酌現今毒品保管及銷燬實務，係由各地方檢察署或由各地方檢察署
    委託其他地方檢察署、司法警察機關辦理之，考量各地方檢察署之地
    緣因素及辦理銷燬事宜之彈性，爰訂定第二款。
三、辦理扣案毒品銷燬，應查核欲銷燬之毒品品項、數量是否相符，並應
    函報高檢署或金門高分檢署核准，以免有誤為銷燬之情事，爰訂定第
    三款。
四、扣案毒品銷燬之過程，應由第二款辦理銷燬之機關全程錄音錄影，銷
    燬後應檢具銷燬紀錄、照片及錄影光碟（一式三份），由移送機關、
    檢察官留存及函報高檢署或金門高分檢署備查，以避免日後爭議，爰
    訂定第四款。