本館設下列各組，分別掌理下列事項：
一、教育研究組：十三行文化相關文化資產與文化創意產業之研究、典藏
    、展示、教育活動及其他相關業務事項。
二、營運推廣組：展場服務、展示設備、解說導覽、公關接待、觀眾調查
    、票務管理、社區及志工管理等事項。
三、行政組：文書、檔案管理、公文管理、事務、出納、採購、財產管理
    、館舍營繕、機電維護管理、法制、研考，綜合業務及不屬於其他各
    組之事項。