本所掌理下列事項： 一、養殖漁業推廣計畫之執行及管理輔導事項。 二、魚病防治之執行及技術輔導事項。 三、養殖種魚之培育與管理；原生魚種之復育與保種。 四、魚苗繁養殖、孳生物配售及贈與。 五、環境生態之保護及教育宣導。 六、其他關於水產養殖漁業輔導、管理、服務及生態產業發展之事項。