本所掌理下列事項：
  一、動物傳染病之預防、防疫、檢診、調查、研究、處理及其進口追蹤
      檢疫事項。
  二、動物衛生保健、一般疾病之檢診、調查、研究及處理。
  三、有關動物流行病學之調查、研究及處理。
  四、人畜共通傳染病之預防、防疫、監控及處理。
  五、動物健康證明書之核發。
  六、動物用藥品製造、供銷之管理，違規抽查、品質抽驗及處理。
  七、原料畜禽產品藥物殘留之防範、檢測、追蹤及處理。
  八、獸醫師（佐）執行技術業務之監督及獸醫之訓練。
  九、動物飼養或繁殖場及家畜保險醫療業務指導；保健衛生宣導、教育
      、訓練等事項。
  十、協助畜牧場廢水及水產養殖場水質檢驗。
  十一、野生動物急救。
  十二、寵物登記管理。
  十三、營利性寵物繁殖買賣或寄養者之管理。
  十四、稽查、取締違反動物保護法之有關事項及其教育、宣導。
  十五、動物收容處所之管理事項。
  十六、其他有關獸醫業務事項。