會計室掌理歲計、會計及統計事項。分設三股，各股之職掌如下：
  一、經費股
    （一）預算之控制與執行及經費流用、保留。
    （二）動支第一、第二預備金之申請事項。
    （三）會計事務之處理及內部審核業務之執行。
    （四）政府採購案件之監辦事項。
    （五）經費類記帳憑證之編製與會計簿籍之記載。
    （六）經費類會計報告、年度決算之編報。
    （七）歲出類會計憑證、簿籍、報表之裝訂、整理、保管及送審。
    （八）財產統制帳項之登錄。
    （九）其他上級交辦事項。
  二、徵課股
    （一）歲入概（預、決）算及分配預算之編報。
    （二）歲入類會計各項憑證、報表之審核及登記。
    （三）稅款保證金、罰鍰之清理核結及退還等事項。
    （四）各項稅課收入退還書及退稅支票之審核與簽發。
    （五）歲入類記帳憑證之編製、建檔、併檔及會計簿籍之登載、清理
          與核結。
    （六）徵課會計電腦產出代傳票、明細分類帳及總分類帳報表之核對
          。
    （七）歲入類會計憑證、簿籍、報表之裝訂、整理、保管及送審。
    （八）歲入類會計報告之編報。
    （九）其他上級交辦事項。
  三、統計股
    （一）國稅收入之調查、統計、分析與處理。
    （二）統計資料之蒐集與統計年報之編纂呈報。
    （三）各項國稅徵課實況報表之編報。
    （四）關於本局所辦公務之統計事項。
    （五）歲出概、預算之編製、追加減及預算分配等事項。
    （六）會計統計人員之任免、遷調、獎懲、考核等事項之處理與建議
          。
    （七）其他上級交辦事項。