會計室掌理歲計、會計事項。分設四科，各科之職掌如左：
  一、第一科：
    （一）本總局及所屬歲入預算之控制。
    （二）所屬各關稅局歲入類月報表之審核。
    （三）歲入類有關彙總事項記帳憑證之造具。
    （四）歲入類有關彙總事項會計簿籍之登載。
    （五）本總局及所屬歲入會計報告之編製。
    （六）徵課會計制度之擬訂及推行。
    （七）其他有關歲入之會計事項。
  二、第二科：
    （一）本總局歲出預算之控制。
    （二）本總局經費類原始憑證及所屬各關稅局經費月報表之審核。
    （三）本總局經費類及經費類有關彙總事項記帳憑證之造具。
    （四）本總局經費類及經費類有關彙總事項會計簿籍之登載。
    （五）本總局及所屬歲出會計報告之編製。
    （六）其他有關歲出之會計事項。
  三、第三科：
    （一）本總局及所屬歲出、入（概）預算之籌劃、審核及整編。
    （二）本總局及所屬歲出、入預算之分配及經費調撥。
    （三）本總局及所屬歲出、入決算、績效報告之辦理。
    （四）本總局及所屬經費流用、保留及預備金動支之辦理。
    （五）其他有關歲出、入之歲計事項。
  四、第四科：
    （一）本總局及所屬會計憑證、簿籍、表報之事後查核及送審。
    （二）本總局及所屬預算執行之監督及審核。
    （三）本總局現金、有價證券、保管品、財產物品等之檢查。
    （四）本總局及所屬營繕工程及購置、定製、變賣財物之監辦。
    （五）本總局關係經費負擔及收入一切契約及大宗動產、不動產買賣
          契約之事前審核會簽。
    （六）本總局及所屬財產統制帳之登載及處理。
    （七）本總局及所屬其他內部檢查之辦理。
    （八）本總局及所屬會計人員任免、遷調、獎懲、考核等事項之擬辦
          及一般行政管理事宜。
    （九）其他交辦事項。