暖暖支局掌理轄區內之進出口貨物通關事宜。分設六股，各股之職掌如
  左：
  一、進口業務一股：
    （一）進口報單收單、建檔。
    （二）進口貨物之分類估價（稅則第一章至第八十三章）。
    （三）疑似大陸物品及到貨不符案件之處理。
    （四）行政救濟案件之處理。
    （五）進口貨樣之管理及送外化驗。
    （六）進口貨物賠償或掉換案件之處理。
  二、進口業務二股：
    （一）C1報單之審核。
    （二）進口貨之分類估價（稅則第八十四章至第九十七章）。
    （三）疑似大陸物品及到貨不符案件之處理。
    （四）行政救濟案件之處理。
    （五）進口貨物賠償或掉換案件之處理。
    （六）三角貿易、退運及復運進口案件之處理。
  三、進口業務三股：
    （一）特別准單及進口證明書之核發。
    （二）補稅及現金退稅案件之處理。
    （三）艙單核銷及轉運申請書之辦理。
    （四）核發稅款繳納證及各種稅費之帳務處理。
    （五）保稅案件之處理。
    （六）貨物稅證照及菸酒專賣憑證之核發。
    （七）押款案件之辦理。
    （八）一般行政管理事項。
  四、出口業務股：
    （一）出口報單之收受、建檔，免驗、申驗之審核及放行。
    （二）侵犯智慧財產權及保育類野生動物及其產製品及離岸價格更改
          案件之處理。
    （三）商港建設費及推廣貿易服務費繳納證之換發、補發及暫銷。
    （四）出口報單之電腦審核。
  五、稽查股：
    （一）貨櫃集散站、進出口貨棧及保稅倉庫之監管。
    （二）保稅貨物出棧之檢查。
    （三）看樣、取樣、公證、打包、重新包裝及換櫃之監視。
    （四）破損貨物、短溢卸報告之查核。
    （五）轉運貨櫃及出口貨櫃案件之處理。
    （六）進出口貨物加作嘜頭、箱號之監視。
  六、驗貨股：
    （一）進出口貨物之查驗及取樣。
    （二）緝私報告之繕寫。