本署設下列組、室：
一、綜合規劃組，分四科辦事。
二、通關業務組，分四科辦事。
三、關務查緝組，分六科辦事。
四、稽核業務組，分四科辦事。
五、稅則法制組，分五科辦事。
六、關務資訊組，分六科辦事。
七、秘書室，分五科辦事。
八、人事室，分三科辦事。
九、政風室，分二科辦事。
十、會計室，分三科辦事。
十一、統計室，分三科辦事。
十二、督察室，分四科辦事。

配合進口貨物完稅價格調查業務移撥關區辦理，本署僅辦理制度、法令及
督導事項，將原調查稽核組調查一、二、三科移出至所屬基隆關改設為課
，並自通關業務組移入保稅業務科及自貿港業務科，調查稽核組組名變更
為稽核業務組，爰修正第二款及第四款規定。