本關設下列組、室、分關：
一、業務一組，分三課七股辦事。
二、業務二組，分四課十五股辦事。
三、稽查組，分三課八股三艇辦事。
四、儀檢組，分三課九股辦事。
五、機動稽核組，分二課五股辦事。
六、法務緝案組，分三課二股辦事。
七、秘書室，分六股辦事。
八、人事室，分三股辦事。
九、政風室，分二股辦事。
十、主計室，分三股辦事。
十一、資訊室，分三股辦事。
十二、小港分關，分六課十八股辦事。
十三、旗津分關，分三課十股辦事。
十四、高雄機場分關，分四課十六股辦事。
十五、嘉南分關，分五課十二股辦事。

一、為應業務需要，調整機動稽核組、高雄機場分關及嘉南分關部分組織
    ，修正現行第五款、第十四款及第十五款有關各單位所設之股數：
  （一）機動稽核組增設「情資分析股」專責辦理情資蒐集及分析。將高
        雄機場分關負責緝毒犬隊業務之稽查課稽查三股移入該組，並更
        名為「緝毒犬股」，該組由目前二課三股，調整為二課五股，爰
        修正第五款。
  （二）高雄機場分關稽查課稽查三股改隸機動稽核組，該分關由目前四
        課十七股，調整為四課十六股，爰修正第十四款。
  （三）嘉南分關業務五課業務二股業務整併至同課業務一股，所減併股
        移予機動稽核組設置「情資分析股」；該課原業務三股配合更名
        為業務二股。該分關由目前五課十三股，調整為五課十二股，爰
        修正第十五款。
二、其餘各款未修正。