企劃處分設四科，各科掌理事項如下：
  一、第一科：
    （一）關於政府組織再造之推動事項。
    （二）關於營造英語生活環境行動方案之推動事項。
    （三）關於院長、署長立法院施政書面及口頭報告之彙編事項。
    （四）關於研發創新實施計畫之推動事項。
    （五）關於出國人員報告之彙編事項。
    （六）關於衛生人員專業培訓之督導、策劃事項。
    （七）其他有關綜合性業務之企劃事項。
  二、第二科：
    （一）關於本署及所屬機關年度施政計畫之研訂事項。
    （二）關於本署年度重要計畫之先期作業及管制考核事項。
    （三）關於本署所屬機關工作績效考評事項。
    （四）關於地方衛生機關工作績效考評事項。
    （五）關於所屬國營事業工作考成事項。
    （六）關於上級機關交辦案件之追蹤管制事項。
    （七）關於各項衛生業務之行政革新及為民服務事項。
    （八）關於大陸專業人士來臺參觀訪問審查事項。
    （九）其他有關綜合性業務之管考事項。
  三、第三科：
    （一）關於本署綜合性衛生政策宣導事項。
    （二）關於本署出版品業務之管理事項。
    （三）關於國內外有關衛生圖書資料之蒐集及交流事項。
    （四）關於本署公文品質提昇事項。
    （五）關於本署署務會議、衛生機關會報及署長室交辦事項之追蹤管
          制事項。
    （六）有關推廣衛生相關單位及團體志願服務業務規劃事項。
  四、第四科：
    （一）關於醫藥衛生政策相關之科技研究發展事項。
    （二）關於國家衛生研究院研究政策督導事項。
    （三）關於全民健康保險業務之規劃、督導及評估事項。