本署設下列組、室：
  一、企劃組，分四科辦事。
  二、承保組，分四科辦事
  三、財務組，分三科辦事。
  四、醫務管理組，分五科辦事。
  五、醫審及藥材組，分四科辦事。
  六、資訊組，分六科辦事。
  七、秘書室，分三科辦事。
  八、人事室，分四科辦事。
  九、政風室。
  十、主計室，分五科辦事。
  十一、臺北業務組，分十二科辦事。
  十二、北區業務組，分八科辦事。
  十三、中區業務組，分九科辦事。
  十四、南區業務組，分九科辦事。
  十五、高屏業務組，分九科辦事。
  十六、東區業務組，分四科辦事。