會計室分設三科，各科掌理事項如左：
  一、第一科：
    （一）關於本會及所屬機關預（概）算之編審、執行事項。
    （二）關於所屬機關歲計業務之督導查核事項。
    （三）關於動支預備金、經費流用及申請保留經費之處理事項。
    （四）關於本會及所屬機關分配預算之編審、修改事項。
    （五）關於會計業務之研究、發展事項。
    （六）關於其他機關（構）補助專款之會計事項。
    （七）關於本會及所屬機關會計人員任免、遷調、考核、獎懲案件之
          擬辦事項。
    （八）關於特種基金處理事項。
    （九）關於本室綜合業務及不屬其他各科業務事項。
  二、第二科：
    （一）關於本會及所屬機關會計報告及決算之編審事項。
    （二）關於本會歲入憑證之審核事項。
    （三）關於本會及所屬機關現金、票據、有價證券及公庫之查核事項
          。
    （四）關於所屬機關會計業務之督導事項。
    （五）關於帳務登記及憑證送審事項。
    （六）關於傳票及支付憑單之簽發事項。
    （七）關於暫存款之清理事項。
    （八）關於公務成本及工作績效報告事項。
    （九）關於公款支付期限報表之彙編、查核事項。
    （十）關於憑證及傳票之整理、保管事項。
    （十一）其他有關會計事項。
  三、第三科：
    （一）關於歲出憑證之審核事項。
    （二）關於補助各機關團體經費支出憑證之審核、送審事項。
    （三）關於營繕工程、購置、定製、變賣及財物之招標、比價、議價
          及驗收之會同監辦事項。
    （四）關於歲出預算之控制、查核事項。
    （五）關於設立預算負擔之契約審核簽證事項。
    （六）關於財產報廢及查核事項。
    （七）關於各種補助費、人事費之審核事項。
    （八）關於差旅費之審核事項。
    （九）其他有關審核事項。