動員實施階段，由國防部、交通部、內政部、國防部陸軍司令部、國防部
海軍司令部（以下簡稱海軍司令部）、國防部空軍司令部（以下簡稱空軍
司令部）、國防部憲兵指揮部及其他相關機關派員編成聯合運輸指揮部，
負責統籌管制運用陸、海、空軍軍事運輸作業、國外物資接轉及協同管制
運用。

第三條至第十八條條文無國防部陸軍司令部及國防部憲兵指揮部之規定，
爰刪除其簡稱。

鐵路運輸管制權責，區分如下：
一、聯合運輸指揮部：負責鐵路運輸作業運案之管制。依國軍各單位鐵路
    運輸之需求，訂定配運計畫，完成運量與運能之獲得及運用。
二、國營臺灣鐵路股份有限公司（以下簡稱臺鐵）：配合軍事運輸納入管
    制，負責鐵路運輸輸具整備作業。
三、台灣高速鐵路股份有限公司（以下簡稱高鐵）：配合軍事運輸納入管
    制，負責高速鐵路運輸輸具整備作業。

配合交通部為經營鐵路，設國營臺灣鐵路股份有限公司，原交通部臺灣鐵
路管理局各項業務，由該公司承受，爰將第二款「交通部臺灣鐵路管理局
」修正為「國營臺灣鐵路股份有限公司」。

水運管制權責，區分如下：
一、聯合運輸指揮部：負責水運作業運案之管制。依國軍各單位之水運申
    請，完成運量與運能之審查及港口設施之管制運用。戰時依軍事需求
    ，對港口有優先使用權。
二、交通部航港局：負責二十總噸以上商用船舶與民間水運作業機具之整
    備及配合軍事運輸之作業事宜。
三、農業部漁業署：負責漁船（筏）之整備及配合軍事運輸之作業事宜。
四、海軍司令部：負責艦船（含已徵用之船舶、漁船（筏）機具）調派支
    援及各軍港、商港、工業港、漁港軍事運輸之管制作業。

配合行政院農業委員會改制，爰將第三款「行政院農業委員會」修正為「
農業部」。