一、基金之沿革：
    管制藥品製藥工廠作業基金（以下稱本基金）溯自前麻醉藥品管理條
    例於民國24年成立麻醉藥品經理處，屬國營事業，辦理國內第一、二
    級管制藥品輸入、輸出、製造、品管、銷售、保管及製造方法之研究
    等事務。民國88年6月2日總統（88）華總（一）義字第8800124380號
    令將原麻醉藥品管理條例修正為管制藥品管理條例，同年7月1日改制
    為管制藥品管理局，同時依該條例第四條設立管制藥品管理局製藥工
    廠其預算型態為營業預算。又民國89年4月7日行政院主計總處（原行
    政院主計處）召開繼續研商90年度附屬單位預算籌編事宜會議會商結
    論：管制藥品管理局製藥工廠90年度編製附屬單位預算（非營業基金
    ），基金名稱定為管制藥品管理局製藥工廠作業基金，並於89年 4月
    19日以台八十九處孝一字第 07426號函核定。另因配合行政院衛生署
    食品藥物管理局組織法於民國98年 5月12日經立法院第7屆第3會期審
    議通過，並奉總統於98年6月3日以華總一義字第 09800137391號令公
    布，於民國99年1月1日成立行政院衛生署食品藥物管理局，製藥工廠
    改設置於食品藥物管理局，仍以作業基金方式運作，基金名稱由管制
    藥品管理局製藥工廠作業基金更改為管制藥品製藥工廠作業基金，10
    2年7月23日衛生福利部食品藥物管理署組織法施行，基金改隸於食品
    藥物管理署。
二、制度之沿革：
    為期本基金之收支、保管及運用於辦理會計業務處理有所依循，依據
    會計法及管制藥品製藥工廠作業基金收支保管及運用辦法，訂定管制
    藥品製藥工廠作業基金會計制度（以下簡稱本制度），前於92年12月
    31日經行政院主計總處（原行政院主計處）以處會三字第0920008258
    號函核定施行。囿於時空環境變遷，及作業基金自 107年度起導入企
    業會計準則，爰配合相關法令規定及基金實務作業需要，修正本制度
    。
三、制度之重要內容：
  （一）會計年度：本制度會計年度之開始、終了及結束期間，悉依預算
        法及決算法之規定辦理。
  （二）會計基礎：本制度會計基礎依會計法第17條規定，採用權責發生
        基礎。
  （三）會計報告：本制度所定之會計報告，分為對外報告與對內報告二
        種，對外報告為便於有關機關之綜合彙編及督導考核，應按行政
        、監察、立法之需要，及人民所須明瞭之會計事實編製之。對內
        報告主要在提供管理決策之參考與控管之需要，視基金實際需要
        ，自行擬定。
  （四）會計科目：本制度會計科目及編號係依據作業基金採企業會計準
        則適用會計科（項）目核定表之定義，並按基金可能發生之會計
        事項設定，及本基金業務需要訂定，分資產、負債、淨值、收入
        及成本與費用等五類。
  （五）會計簿籍：本制度會計簿籍，除依會計法有關規定外，各種簿籍
        之設置，以能適合本基金實際業務需要，便於查考及產生會計報
        告為原則。
  （六）會計憑證：本制度會計憑證，分為原始憑證與記帳憑證兩類；原
        始憑證分外來憑證、對外憑證及內部憑證三種，內部憑證可就實
        際需要自行規定；記帳憑證分收入傳票、支出傳票及轉帳傳票三
        種。
  （七）會計業務之處理：本制度所定之會計業務，依會計法及有關規定
        ，並按本基金辦理之業務，就會計業務處理原則、普通會計業務
        處理、成本會計業務處理、業務會計業務處理、出納會計業務處
        理、材料會計業務處理、財產會計業務處理、工程會計業務處理
        、會計作業電子化處理、會計業務與非會計業務之劃分等項，分
        別予以訂定。
  （八）會計檔案之管理：本制度會計檔案，就保管、調閱、銷毀程序及
        電腦會計資料檔案之管理，分別予以訂定。
  （九）內部審核之處理：為加強基金內部審核，訂定內部審核之處理一
        章，期由加強內部審核，以興利除弊及提高業務績效。
四、制度之核定權責機關：
    本制度報陳上級機關核轉中央主計機關核定後施行，修正時亦同。