水污染防治經費來源如下：
一、水污染防治費收入。
二、上級機關補助收入。
三、本府依水污染防治法追繳之所得利益及裁處之部分罰鍰。
四、孳息收入。
五、其他有關收入。

水污染防治經費之用途如下：
一、地面水體污染整治與水質監測。
二、飲用水水源水質保護區改善。
三、水污染總量管制區水質改善。
四、公共污水下水道系統主、次幹管之建設。
五、污水處理廠及廢（污）水截流設施之建設。
六、水肥投入站及水肥處理廠之建設。
七、廢（污）水處理設施產生之污泥集中處理設施之建設。
八、水污染防治技術之研究發展、引進及策略之研發。
九、水污染防治相關工作所需人力之聘僱事項。
十、其他有關水污染防治工作。
十一、前條第三款依水污染防治法追繳之所得利益及裁處之罰鍰者，應優
      先支用於該違反水污染防治法義務者所污染水體之整治。