本局設各科、中心、室，分別掌理下列事項：
一、疾病管制科：掌理疫情監測、調查、訓練及醫院院內感控事項、規劃
    疫苗接種之政策及執行、社區傳染病及新興傳染病之防治、外勞及營
    業衛生從業人員之防疫等事項。
二、國民健康科：掌理各項健康促進及健康管理工作之規劃、推展、監督
    及考核等事項。
三、食品藥物管理科：掌理藥政、藥品、醫療器材、化粧品、食品衛生管
    理及國民營養調查、諮詢、管理等事項。
四、醫事科：醫事機構及醫事人員證照管理登記、醫療品質管制、醫療廣
    告、醫事審議及醫師懲戒、公會管理、巡迴醫療、緊急救護網、區域
    醫療網、民防動員、救護車管理、身心障礙鑑定、市立醫院管理及委
    外醫院監督管理等事項。
五、心理健康科：毒品危害防制、精神及心理衛生、酒癮防治、自殺防治
    、家庭暴力及性侵害犯罪加害人處遇等事項。
六、衛生稽查科：人民申請案現場履勘、人民陳情及檢舉違規案件稽查、
    各業別例行或計畫性稽查、抽驗及輔導等事項。
七、綜合企劃科：綜合業務規劃、研究發展、計畫管考、衛生志願服務、
    法制、公共關係、議事、資訊管理、國際衛生合作及綜合衛生業務訓
    練等事項。
八、檢驗中心：食品、藥物、化粧品、水質、臨床醫事檢驗及傳染病公共
    衛生檢驗等相關檢驗事項
九、秘書室：庶務管理、出納、財產及物品管理、採購、車輛調度管理、
    文書管理及檔案管理等事項。

本局置主任秘書、專門委員、科長、主任、秘書、專員、視察、技正、股
長、衛生教育指導員、衛生稽查員、科員、技士、助理員、技佐、辦事員
、書記。
前項技正及技士員額總數十五分之ㄧ以下，必要時得依醫事人員人事條例
規定，由相當級別之相關醫事人員擔任。但員額不足一人時，得以一人計
。
第一項主管疾病管制、健康促進、藥政、醫政、檢驗業務之科長、主任職
務，必要時得依醫事人員人事條例規定，由相當級別之相關醫事人員擔任
。

本規程自中華民國九十九年十二月二十五日施行。
本規程修正條文，除中華民國一百零三年一月二十二日修正發布之條文，
自一百零三年一月二十四日施行外，自一百零七年一月一日施行。