製藥工廠掌理事項如下：
  一、營運：
  （一）關於藥品之請辦、收發、銷售、登記、保管、輸入、輸出及售價
        調整擬議事項。
  （二）關於原料、器材及包裝用具等資材之請購、收發、登記及保管事
        項。
  （三）關於倉庫之安全防護事項。
  （四）關於藥廠資訊系統之維護管理事項。
  （五）其他交辦事項。
  二、製造：
  （一）關於藥品之製造、分裝及包裝事項。
  （二）關於原料、物料、在製品之領用、保管事項。
  （三）關於設備、器材之使用、保管、清潔維護事項。
  （四）其他交辦事項。
  三、品管：
  （一）關於品質管理方案之擬訂、執行、及檢討事項。
  （二）關於﹁藥品優良製造規範﹂之執行事項。
  （三）關於產品研發、技術改進及藥品製造方法之研究事項。
  （四）其他交辦事項。
  四、廠務：
  （一）關於公文、檔案之管理事項。
  （二）關於操作人員之管理、訓練事項。
  （三）關於小額採購及零用金管理事項。
  （四）關於工廠設備、設施之管理及保養維護事項。
  （五）關於環境衛生、消防及安全設施事項。
  （六）關於車輛調配、使用、管理事項。
  （七）關於會客室、會議室之管理事項。
  （八）關於製藥工廠操作人員之勞工保險、全民健康保險及福利事項。
  （九）其他不屬各科之事項。