本局設各科、室，分掌左列事項：
  一、第一科：空氣污染防治、噪音及振動管制等事項。
  二、第二科：水污染與土壤污染防治、環境消毒、病媒管制、毒性物質
      管制、環境衛生用藥及環境衛生用生物製劑之管理等事項。
  三、第三科：垃圾貯存、收集與清運、雨水下水道與測溝清理、機具規
      劃購置、管理及環境清潔維護等事項。
  四、第四科：廢棄物處理、興建垃圾掩埋場（焚化廠）
      之土地取得與工程之規劃、評估、設計、發包、施工、運轉及督導
      等事項。
  五、第五科：水肥清運處理、公廁興建管理、違章飼養家禽家畜之取締
      及野犬捕捉等事項。
  六、第六科：勤務執行督導、教育訓練、衛生稽查、糾紛處理及清潔車
      輛肇事之處理等事項。
  七、技術宣：環境品質監測、檢驗分析、研究發展及資訊管理等事項。
  八、總務宣：文書、印信、採購、出納、財產管理及事務管理等事項。